הנדסת מערכות היא מכלול הכלים המדעיים והמעשיים הדרושים להובלת פיתוח טכנולוגי. מהנדס מערכת הוא מהנדס/פיסיקאי בעל ידע הנדסי רב-תחומי (בנוסף למומחיות ספציפית), בעל תפיסה מערכתית, ובעל יכולת לאינטגרציה רב-תחומית בביצוע התכנון, ההנדסה, והניהול של פרויקטים. תחום הנדסת המערכות זוכה בעשור האחרון לתשומת לב גוברת בעולם בכלל ובישראל בפרט, ובהתאם לכך, גדלה בשנים האחרונות הדרישה למהנדסי מערכות מקצועיים לשם הנהגת הפיתוח הטכנולוגי בפרויקטים מורכבים ורב-תחומיים.
בוגר התוכנית יוכל להשתלב בכל מגזרי התעשייה הגדולים, המייצרים מוצרים או נותנים שירותים רב-מערכתיים, ביניהם: מערכת הביטחון, מערכת התשתיות, הכלכלה, הרפואה, התחבורה ועוד.