בדומה ליישומים אחרים של סרטונים ואנימציות, גם בפלאש הקובץ מתחלק מבחינת זמנים למסגרות. השכבות בקובץ פלאש מתפקדות כמו רצועות פילם של מצלמת וידאו הנערמות אחת על גבי השנייה, כאשר כל שכבה מכילה דמות או מרכיב שונים המוצגים על המסך. כך שהמרכיבים העיקריים של ציר הזמן הם שכבות, מסגרות וראש התצוגה של סביבת הפיתוח. השכבות במסמך פלאש מוצגות בסביבת הפיתוח בטור לצידו של ציר הזמן. המסגרות שקיימות בכל שכבה מוצגות בשורה מצידה של השכבה הרלוונטית. זוהי דרך יעילה מאוד עבור מעצבים גרפיים לארגון התכנים הגרפיים השונים במסמך, בעוד כך ניתן לערוך מרכיבים בשכבה אחת, מבלי להשפיע כלל על מרכיבים אחרים בשכבות הנוספות. באזורים בתצוגת סביבת העבודה בפלאש בהם יש שכבות ריקות או ללא תוכן ספציפי, ניתן פשוט לראות דרכן את השכבות שמתחת.
על מנת לצייר, להוסיף מרכיבים וכן לבצע שינויי שכבות במסמך העבודה, יש לבחור את השכבה הרצויה מהרשימה שעל ציר הזמן ובכך להפוך אותה לפעילה. סימן של עיפרון ליד שם תיקיית השכבה מציין כי היא פעילה וניתנת לעריכה. באופן הגיוני, רק שכבה אחת יכולה להיות פעילה בזמן נתון לצורכי עריכה. כמו כן ניתן לנעול, לסדר מחדש ולהסתיר שכבות על גבי המסמך. מספר השכבות שניתן ליצור על גבי ציר הזמן של קובץ פלאש הוא אינסופי ומוגבל רק בכמות הזיכרון של מחשב המעצב. חשוב במיוחד שריבוי השכבות לא יגדיל את נפח הקובץ הסופי (swf) שאותו מפרסמים באתר האינטרנט למשל.
ישנם 5 סוגים עיקריים של שכבות בהם ניתן להשתמש בפיתוח תכני פלאש:
רצוי תמיד להשתמש בתיקיות שכבות נפרדות עבור תכני אודיו, טקסט, אנימציות, וידאו ועוד. זאת, כדי לשמור על הסדר בסביבת העבודה ולמצוא את מרכיבי הקובץ בקלות.
