שכר הלימוד הוא ללא ספק מרכיב משמעותי בהחלטה לגבי לימודי הנדסת תוכנה במכללה או באוניברסיטה – למרות שרוב המוסדות מציעים מלגות וסטודנטים רבים בישראל אכן נהנים ממלגות מגוונות ומשתלמות. כל המוסדות המציעים לימודי הנדסת תוכנה לתואר ראשון הם מוסדות אקדמיים מוכרים ומתוקצבים על ידי המועצה להשכלה גבוהה, כך שההבדלים בשכר הלימוד אינם מהותיים. באוניברסיטאות ובמרבית המכללות האקדמיות שכר הלימוד הוא אוניברסיטאי מפוקח (9,521 ש"ח לשנה"ל 2010-2011), בעוד ישנן מכללות בהן שכר הלימוד מעט גבוה יותר אך לא במידה משמעותית.
אמנם קיימת העדפה מסוימת לבוגרי אוניברסיטאות בתחומי טכנולוגיה והייטק, אך באופן פרטני לגבי הנדסת תוכנה חשוב להבין את נושא היצע תכניות הלימוד בסוגי המוסדות האקדמיים. בפועל, רק אוניברסיטה מרכזית אחת מציעה תכנית מלאה לתואר ראשון בהנדסת תוכנה והיא אוניברסיטת בן גוריון. יתר האוניברסיטאות מציעות מסלולי לימוד הנדסיים בתחומי מחשבים, מערכות מידע, מערכות מתוקשבות ועוד – תחומים דומים וקשורים אך לא לימודי הנדסת תוכנה ממש. כמו כן, האוניברסיטה הפתוחה מציעה תכנית לתואר B.Sc. בהנדסת תוכנה אך עבור מעסיקים רבים האו"פ אינה נחשבת לאחת מהאוניברסיטאות הרגילות (למרות שבפועל תכניות הלימוד שלה איכותיות וקשות). לעומת זאת, במגזר המכללות, המל"ג נתנה אישור ל – 6 מכללות להפעיל מסלול לימודים בהנדסת תוכנה. כך שהיצע מקומות הלימוד – ללא קשר לתנאי הקבלה – נוטה באופן ברור לטובת המכללות.
כדי להגיע להחלטה מושכלת אודות מוסד הלימוד העדיף, יש להכיר את ההבדלים הבסיסיים בגישות הלימוד בין מוסדות אוניברסיטאיים למכללות, הבדלי גישה אשר מיטשטשים עם השנים אך בכל זאת קיימים בשטח. עקב מהות פעילות המכללות והתקציבים שקיבלו לאורך השנים, הן לא מתמקדות במחקר אלא בהוראת תחומים מעשיים ושימושיים תוך שימת דגש על הפרקטיקה ופחות על המחקר והתיאוריות. באוניברסיטאות לעומת זאת, המחקר והתיאוריה תופסים נתח נכבד מהלימודים. בהקשר של לימודי הנדסת תוכנה, המכללות מציעות באופן מסורתי לימודים מעשיים מאוד ופחות מעמיקים בהיבטים המחקריים של התחום. הבדל תפיסתי זה יוצר, ובעיקר יצר בעבר, מצב שבו מבחינת יכולות פיתוח תוכנה בוגרי האוניברסיטאות יהיו מצוידים בכלים טובים ומקיפים יותר ואילו בוגרי המכללות יהיו מצוידים בכלים מעשיים וטכניים עשירים יותר.
לימודי הנדסת תוכנה הם לימודים קשים ומורכבים בכל מוסד אקדמי, כך שקושי הלימודים אינו מהווה שיקול. לעומת זאת, תנאי הקבלה האקדמיים הם בהחלט שיקול מהותי עבור רוב המועמדים. לרוב, תנאי הקבלה לאוניברסיטה גבוהים ומחמירים יותר מאשר למכללות ואכן יש מעסיקים שמדגישים זאת בחיפוש מועמדים לעבודה. למשל, יש מכללות שלא דורשות פסיכומטרי כתנאי קבלה, אך כולן דורשות ציונים מסוימים בבגרות במקצועות המתמטיקה והאנגלית, או מעבר של מכינה קדם אקדמית מתאימה.
לא ניתן להתעלם מהעובדה שלבוגרי אוניברסיטאות יש יתרון בשוק העבודה למשרות טכנולוגיות. בתחום התוכנה היתרון מתבטא בעיקר בקבלה לעבודות פיתוח. אולם, בהחלט יש שינוי במגמה זו כאשר יותר ויותר חברות הייטק שמחות להעסיק גם בוגרי מכללות ללא הבדלים מהותיים בתנאי התפקיד. בתהליך ההחלטה, חשוב לקחת בחשבון את היצע המכללות ללימודים אלו לעומת האוניברסיטאות ולכן יתרון תעסוקתי זה מצטמצם ויצטמצם בעתיד אף יותר. בפועל, אין כיום הבדלים מהותיים בין מהנדסי תוכנה בוגרי אוניברסיטה למהנדסים בוגרי מכללות. אם הבוגר מוכשר, יצירתי ומקצועי הוא יצליח להתקבל לעבודות ולהתקדם בתחום ללא קשר למוסד בו הוא למד. כמובן שבוגרי מכללות בעלי ממוצע גבוה מאוד, פרויקט גמר מעניין, קשרים בחברות הייטק עם בוגרי מכללה ותיקים ("חבר מביא חבר") ונתונים טובים כלליים, הם בעלי סיכוי טוב יותר למצוא במהירות עבודה כמהנדסים מקצועיים.
