האוניברסיטאות דורשות באופן מסורתי את תנאי הקבלה הקשים ביותר למחלקות ההנדסה ולכך, יש לרוב חשיבות מכרעת בעת קבלת ההחלטה אודות מוסד הלימוד. תנאי קבלה אלו דורשים ציון פסיכומטרי של כ – 650 ואף למעלה מכך, בנוסף לממוצע בגרות גבוה. זאת מעבר לדרישה הכללית בכל מסלולי הלימוד ההנדסיים באוניברסיטה ל – 5יחידות לימוד תיכוניות במתמטיקה ופיזיקה או מעבר מכינה מתאימה. המכללות לעומת זאת דורשות תנאי קבלה נמוכים יותר מבחינת פסיכומטרי וממוצע בגרויות ומאפשרות קבלה גם עם 4 יחידות מתמטיקה. מועמדים בעלי נתוני כניסה נמוכים יחסית, צריכים אם כך לבחור באופציה של מכללות אקדמיות וכעת נותר רק להחליט באיזו מהן ללמוד. בעלי נתוני כניסה טובים ויכולות לימודיות גבוהות, טוב יעשו אם יבחרו באוניברסיטה.
עולם האקדמיה אינו חף מעיסוק במוניטין ויוקרה. נושא זה משחק תפקיד גם בהחלטה היכן ללמוד את תחום הנדסת המכונות – גם עבור המועמדים עצמם וגם מבחינת מעסיקים אפשריים. תואר מהנדס ממחלקה מכובדת ומובילה אך בציון שאינו מצוין יהיה בכל זאת "שווה" יותר בחלק מהמקרים לעומת תואר בהצטיינות ממוסד "נחשב" פחות. מבחינה זו, האוניברסיטאות מנצחות את המכללות האקדמיות כאשר בראש ובראשונה ניצבת הטכניון, בה נחשבים לימודי הנדסת מכונות ליוקרתיים ביותר. עבור מעסיקים רבים, הצלחה בתואר מטעם הטכניון מהווה כבר יתרון מהותי בקבלה לעבודה. גם אוניברסיטת תל אביב נחשבת למובילה בתחום ובמקום השלישי – אוניברסיטת בן גוריון. מבחינת המכללות האקדמיות, תואר מהנדס מכונות ממכללה המתמחה במקצועות ההנדסה ייחשב על פי רוב יותר מתואר ממכללה כללית.
אמנם כל התכניות ללימודי הנדסת מכונות חייבות את אישור המל"ג להפעלתן ולהענקת התואר, לכן עליהן להיות יחסית אחידות מבחינת תכנים, אך רמת הקושי בלימודים במוסדות השונים היא בהחלט לא אחידה בעוד תכניות מסוימות קשות יותר מאחרות. על המועמדים לבחון ולשקול את הנושא הזה היטב, היות ובחירה לא נכונה עשויה להוביל לציונים נמוכים או אפילו לנשירה מהתואר, גם אם מדובר בצעירים מוכשרים בעלי חוש טכני מעולה ויכולות מרשימות. מבחינה זו, מסלול ההנדסה של הטכניון ללא ספק נחשב לקשה ביותר כאשר הלימודים במוסד המכובד הזה נחשבים לתובעניים במיוחד אפילו עבור המבריקים שבסטודנטים. אין בכך כדי לומר כי במכללות או ביתר המוסדות האקדמיים רמת הלימודים פחות טובה, אך הקושי נמוך יותר. בנוסף, המכללות מציעות לרוב גם יחס אישי יותר לסטודנט ולימודים בכיתות קטנות יותר, מה שעשוי לסייע לסטודנטים במהלך לימודיהם. מועמדים שאינם שולטים בצורה טובה במקצועות היסוד ההנדסיים וחשים שיתקשו לעמוד בקצב, כדאי שיבחרו ללמוד במכללה או במחלקה פחות תובענית. אלו שיכולים לעמוד בקושי ובעומס – המחלקה להנדסת מכונות בטכניון היא המובילה ומציעה את התואר הנחשב ביותר בשוק העבודה.
