ראשית, ישנם כמה מרכיבים דומים למדי בין מסלול לימודי הנדסה אזרחית במכללה או באוניברסיטה. בשני המקרים מדובר על מסלול לימודים שאורכו 4 שנים ובכל מוסד אקדמי מאושר התכנית היא מקיפה, מורכבת ממגוון תחומים ותכנים מקצועיים מתמטיים, פיזיקאליים ועוד. אין זה משנה לצורך העניין מהו סוג מוסד הלימוד הנבחר – לימודי הנדסה אזרחית הם לימודים אשר עשויים להיות קשים וככאלו, הם מצריכים השקעה רבה ויכולות טכניות טובות וגבוהות מהממוצע.
מרכיב נוסף בשאלה האם ללמוד הנדסה אזרחית במכללה או אוניברסיטה, הוא כמות המוסדות האקדמיים אשר מציעים תכנית לימודים שכזו. מבחינה זו קיים יתרון מסוים למגזר האוניברסיטאי אך למעשה גם יתרון למכללות – תלוי בנקודת המבט וברצון המקצועי של כל מועמד או מועמדת. קיימות למעשה רק 2 אוניברסיטאות אשר מציעות תכנית מלאה של הנדסה אזרחית ואלו הן הטכניון בחיפה ובן גוריון בנגב. ישנן אוניברסיטאות נוספות המפעילות מחלקות להנדסה סביבתית ותחומי הנדסה בעלי קשר מסוים לעולם ההנדסה האזרחי, אך רק שתי אלו מפעילות תכנית העונה להגדרה. ניתן לציין כי המכללה האקדמית להנדסה בירושלים מציעה מסלול הנדסה אזרחית שבו התואר המוענק הוא מטעם הטכניון. מנגד, ישנן מכללות המציעות מסלולי הנדסה אזרחית. אמנם גם במקרה זה לא מדובר על מספר רב מאוד של מכללות עם תארים ראשונים בהנדסה אזרחית, אך ההיצע הוא גדול יותר. כמו כן, ניתן ללמוד הנדסה אזרחית במסלול הנדסאים אשר נחשב לקצר ופשוט יותר מתואר ראשון מלא בהנדסה. מסלול זה זמין במגוון רחב מאוד של מוסדות מאושרים על ידי הגורמים הרלוונטיים.
עולם ההנדסה האזרחית הוא מקיף ומורכב מאוד ולכך, יש השפעה מהותית על התשובה לשאלה האם ללמוד הנדסה אזרחית במכללה או באוניברסיטה. מכללות המציעות מסלולי לימוד במחלקה זו מתמקדים לרוב בלימודי הנדסת בניין (חלק מרכזי אך לא יחיד בעולם ההנדסה האזרחית). מנגד, באוניברסיטאות (בעיקר בטכניון) קיימות אפשרויות ללמוד הנדסה אזרחית תוך התמקדות במגוון רחב של תתי-תחומים והתמחויות מעבר לתחום הבניין או ניהול הבניה. לכן מבחינה זו יש יתרון לאוניברסיטאות, כאשר הדגש הוא על הטכניון.
אין ספק כי תנאי הקבלה למסלול הנדסה אזרחית באוניברסיטה הם מחמירים וקשים יותר מאשר במכללות. לכן, מי ששואף ללמוד את התחום אך אינו מציג תנאי קבלה מעולים, יתקשה להתקבל לאוניברסיטה והמכללה היא פיתרון עדיף עבורו. נושא שכר הלימוד מהווה אף הוא פרמטר חשוב בהתלבטות האם ללמוד הנדסה אזרחית במכללה או באוניברסיטה – באוניברסיטאות שכר הלימוד מפוקח ונמוך יחסית ואילו במכללות מסוימות העלות גבוהה במעט לעומת שכר הלימוד האוניברסיטאי המסובסד והמפוקח.
אי אפשר להתעלם מכך שקיימת מגמה בקרב חלק מהמעסיקים בתחומי ההנדסה האזרחית אודות העדפת בוגרי אוניברסיטאות. אמנם מגמה זו הולכת ופוחתת ככל שהמעסיקים מבינים שגם במכללות רמת הלימודים גבוהה ואיכותית, אך היא בכל זאת קיימת ובכך יש יתרון, שלעיתים הופך מהותי, לבוגרי אוניברסיטה. מצד שני, ישנם מעסיקים רבים, בעיקר קטנים יותר, להם אין העדפה מסוימת למוסד האקדמי ולכן גם מהנדסים עצמאיים יתקבלו על ידם בברכה.
התשובה המוחלטת לשאלה האם ללמוד הנדסה אזרחית במכללה או באוניברסיטה היא כמובן אישית ומושפעת מגורמים רבים: נתוני קבלה, זמינות גיאוגרפית של מוסד הלימודים, עלות הלימודים, תחום עניין אישי בלימודים, שאיפה מקצועית בסיום התואר ועוד. נציין כי הפקולטה להנדסה אזרחית בטכניון היא הוותיקה והמקיפה בישראל, מלמדים בה מרצים מובילים והיא הנחשבת ביותר מבחינה מקצועית – ובשל כך, תנאי הקבלה לטכניון והלימודים עצמם נחשבים לקשים ביותר. מנגד, גם תואר אשר התקבל על ידי אוניברסיטה או מכללה אחרת יהיה איכותי ושימושי מאוד בסיום הלימודים.